インディゴもヘナのように、フルイにかけるのでしょうか？

必要ありません

インディゴはヘナと違い、ダマになりにくい粉の性質のため、特にフルイにかけなる必要はありません。ただし、マハラニインディゴは真空パックで固まっている場合がありますので、その場合はスプーンなどで塊をつぶしてからお湯に溶かしてください。